Faculty of Chemistry

This is an on-line training course developed in BAPR - Baltic Phytoremediation project, co-financed by Interreg South Baltic Programme 2014 - 2020.

Here, You can learn about the basics and potential of phytoremediation  to clean soil and see the real-life applications of this technology.

In order to be enrolled to this course, you’ll need to create a local account with the user ID provided.

When your account is generated, you will receive an email with new account requested at 'eNauczanie' using your email address.

Please feel free to contact us for any questions or requirements:

Andrzej Rogala

Piotr Rybarczyk

Baltic Smart Asset Management is an international project co-financed by the funds from Interreg South Baltic Programme 2014-2020.

The aim of the project is to develop methods, transnational collaboration processes and knowledge about Smart Asset Management (SAM) for District Heating (DH) sector.

The training module will help to spread the professional knowledge on new solutions and applications of SAM methods to promote data-driven predictive maintanance of DH networks.

In order to be enrolled to this course, you’ll need to create a local account with the user ID provided.

When your account is generated, you will receive an email with new account requested at 'eNauczanie' using your email address.

Please feel free to contact us for any questions or requirements:

Andrzej Rogala

Piotr Rybarczyk

Kurs e-Nauczania dla studentów kierunku Biotechnologia Leków, II stopień, semestr 1 i 2. Kurs zawiera linki do wykładów online, a także skrypty w postaci plików .pdf oraz .pptx. Materiały pojawiają się w regularnych odstępach czasu, o czym Studenci będą informowani drogą mailową.

nazwa przedmiotu: Filozofia
- tryb studiów  - stacjonarne
- stopień studiów - I stopnia - inżynierskie
- kierunek studiów: Biotechnologia(WCh)

Wykład przeznaczony dla studentów kierunku IBM II st.

 Prowadzący prof. dr hab.inż. Anna Lisowska-OLeksiak

Specjalność: Biotechnologia molekularna (WCh), II stopnia, stacjonarne

Prowadzący wykład: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni - forma stacjonarna

Prowadzący laboratoria: mgr inż. Bartosz Ostrowski - zajęcia stacjonarne na PG, sala 17 WCH C.

Kontakt: (58) 347-23-83

Beata Krawczyk (wykłady): e-mail: beata.krawczyk@pg.edu.pl; WCH B; p.218;

Bartosz Ostrowski, WCH B, p.218 tel. (58) 347-13-83

Konsultacje: stacjonarnie we wtorki  po uprzednium umówieniu sie droga e-mailową. Konsultacje z laboratoriów do uzgodnienia z prowadzącym.

Opis kursu

Kurs dotyczy technik amplifikacji kwasów nukleinowych, zarówno tych związanych z amplifikacją matrycy, jak i tych stosowanych w amplifikacji sygnału czy sondy. Poza metodyką związaną z praktycznym stosowaniem różnych metod, omówione zostaną przykłady zastosowań różnych technik. 

Laboratoria według planu zajęć

Zasady zaliczenia przedmiotu:

WYKŁAD

• obecność obowiązkowa (dozwolona 1 nieobecność na zajęciach), w przypadku dluższej nieobecności wymagane zwolnienie lekarskie
• zaliczenie wykładu w formie testu (stacjonarnie)
• próg zaliczenia dla wykładu - 60%
• wykład stanowi 50% składowej oceny końcowej

LABORATORIA

• obecność na laboratoriach jest obowiązkowa (jednanieobecność dozwolona)
• sprawozdania (forma do ustalenia z prowadzącym)
• próg zaliczenia dla laboratorium - 60%
• laboratoria stanowią 50% składowej oceny końcowej przedmiotu

Szczegółowy program

Wykłady: Dodatnie strony testów opartych o kwasy nukleinowe (NAT). Metody amplifikacji targetu. Organizacja laboratorium amplifikacji kwasów nukleinowych Historia techniki PCR. Zasada działania (pracy) PCR, kinetyka reakcji, pierwsze kroki w nastawianiu PCR, analiza produktów amplifikacji. Podstawy PCR – reagenty i urządzenia do PCR (termocyklery): matryce do PCR (kwasy nukleinowe), odczynniki (dNTP, Mg2+), bufory do PCR –skład, startery oligonukleotydowe, polimerazy do PCR (właściwości). Przygotowanie matrycy do PCR i inhibitory. Optymalizacja PCR. Rozwiązywanie problemów, substancje wpływające na efektywność PCR: inhibicja i wzmacnianie. HOT-start PCR. Touchdown PCR. Strony dodatnie stosowania PCR i ograniczenia (problemy z kontaminacją, zwalczanie i zapobieganie, kontrole w reakcji PCR). Poprawa specyficzności reakcji PCR. Wewnętrzny (zagnieżdżony) PCR (nested PCR) podnosi czułość reakcji. Złożony PCR (multiplex PCR). Asymetryczny PCR w przygotowywaniu ssDNA do sekwencjonowania. Analiza ekspresji genów w wykorzystaniem RT-PCR, semi-ilościowy i ilościowy PCR. Kompetytywny PCR. Allelo-specyficzna amplifikacja (ASA). Szybka amplifikacja końców cDNA (RACE). Metoda T-RFLP do badania mikroorganizmów środowiskowych. Podstawy Real-time PCR. Genotypowanie z zastosowaniem RAPD (przypadkowe amplifikowanie polimorficznego DNA). Metody oparte o ligację adaptorów oligonukleotydowych i PCR (LM PCR). Technika LAMP. Zróżnicowana liczba tandemowych powtórzeń w badaniach tożsamości. Zastosowanie PCR w diagnostyce molekularnej Alternatywne techniki amplifikacji kwasów nukleinowych (NASBA, TMA, SDA, MDA, OLA). Zastosowanie polimerazy Phi29. Metody amplifikacji sygnału (bDNA, hybryd capture assay) i metody amplifikacji sondy.

Laboratoria: Strategia optymalizacji reakcji PCR: optymalizacja temperatury przyłączania starterów, stężenia DNA - badanie czułości reakcji, optymalizacja dNTP i Mg²⁺, składu buforu do PCR. Badanie substancji wpływających na PCR: inhibitory i wzmacniacze. Inhibicja pochodząca od odczynników podczas izolacji DNA (proteinaza, fenol, SDS, EDTA, materiał biologiczny-krew). Efekt inhibicji określonego stężenia SDS na aktywność polimerazy i znoszenie działania hamującego SDS przez Tween20. Ocena efektywności działania wzmacniaczy (podnoszenie wydajności PCR z użyciem odpowiedniego panelu wzmacniaczy) Multiplex PCR - wykrywanie dwóch różnych regionów genomu w jednej probówce - optymalizacja.