Przed wyrysowaniem transformaty użyłam Evaluate[]
f1[x_] := Piecewise[{{Cos[6 x], -Pi <= x <= Pi}, {0, x > Pi || x < -Pi}}];
ftf1[\(Omega]_] := FourierTransform[f1[t], t, \(Omega]]
Plot[Evaluate[ftf1[\(Omega]]], {\(Omega], -20, 20}, PlotRange -> All]