DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA W MEDYCYNIE I PRZEMYŚLE SPOŻYWCZYM

Prowadzący: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni

Katedra Biotechnologii Molekularnej i Mikrobiologii PG (Bud.7, pokój 218)

  • Zajęcia z przedmiotu prowadzone są w formie blended learning - wykłady w formie zdalnej jako e-nauczanie (15 godzin), laboratoria prowadzone są metodą tradycyjną na uczelni (15 godzin).
  • Wykład rozpoczyna się 5.10.2020 r. w formie webinarium i będzie odbywał sie w godzinach 1115-1300  do 30.11.2020, co tydzień.
  • Laboratoria odbywają się metoda tradycyjną w grupach według ustalonego planu zajęć w sali 17, WCh C.

Zasady zaliczenia e-kursu:

  • Wykłady w formie zdalnej są obowiązkowe dla studenta, możliwa jest jedna nieobecność na wykładzie.
  • Wykład kończy się quizem - warunkiem zaliczenia jest 60% poprawnych odpowiedzi. 
  • e-kurs stanowi 50% składowej oceny końcowej z przedmiotu

Elementy zwiążane z komunikacją w ramach e-kursu:

  • Możliwość komunikowania sie w ramach e-kursu w postaci czatu.
  • Dodatkowe informacje związane z wykładem będą przekazywane studentom na forum oraz w zakładce ogłoszenia
  • Dodatkowy kontakt z prowadzącym e-kurs po wykładzie w godzinach 13-14 (poniedziałek)

Cel przedmiotu i program:

Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z metodami molekularnymi, stosowanymi w diagnostyce medycznej i przemyśle spożywczym, wykorzystanie osiągnięć i narzędzi biologii molekularnej w diagnostyce, pokazanie nowości na rynku diagnostycznym.

Program wykładów:

Temat -1 (2 godziny)

  • Ustawa o diagnostyce laboratoryjnej. Kto może zostać diagnostą laboratoryjnym?
  • Zakres zastosowań diagnostyki molekularnej w medycynie i przemyśle spożywczym.
  • Najważniejsze odkrycia, które zostały wykorzystane w diagnostyce molekularnej.
  • Medycyna spersonalizowana
  • Zasady wprowadzania nowych testów diagnostycznych na rynek. Kryteria walidacji metody diagnostycznej. 
  • Pobieranie, przechowywanie i przewożenie próbek.

Temat -2 (4 godziny)

Metody hybrydyzacji i ich wykorzystanie w mikrobiologii, diagnostyce chorób genetycznych i nowotworowych (hybrydyzacja w roztworze i na podłożu stałym, sondy genetyczne – dobór i przygotowanie; elementy cytogenetyki i hybrydyzacja in situ – technika FISH), mikromacierze, badanie poziomu ekspresji genów na poziomie transkrypcji (transkryptomika) . 

Temat - 3 (1 godzina)

  • Biosensory – definicja, podstawy działania, podział, zastosowanie

Temat - 4 (2 godziny)

  • Typowanie szczepów bakteryjnych metodami klasycznymi i molekularnymi (typowanie fagowe, typowanie bakteriocynami, analiza profili plazmidowych, elektroforeza pulsacyjna REA-PFGE, metody DNA fingerprinting).
  • Kryteria wyboru metod do badań epidemiologicznych.
  • Kryteria interpretacji wzorów genetycznych w badaniach epidemiologicznych.

Temat -5 (2 godziny)

  • Immunodiagnostyka i molekularna diagnostyka wirusów - zastosowanie PCR, real-time PCR, RT-PCR
  • Diagnostyka molekularna wirusa HCV, HBV, HIV, CMV, SARS-CoV-2

Temat - 6 (2 godziny)

  • Metody przesiewowe wykrywania mutacji punktowych i polimorfizmów DNA;
  • Metody wykrywania znanych mutacji (SCCP, DGGE, TGGE, RFLP-PCR, PCR-RFLP, sekwencjonowanie startej i nowej generacji, hybrydyzacja).

Temat - 7 (1 godzina)

Wstęp do proteomiki  - diagnostyka chorób genetycznych i nowotworów.

Temat - 8 (1 godzina)

  • Zastosowanie interferencji RNA w diagnostyce i terapii niektórych chorób człowieka

Laboratoria:

  • Standardowa reakcja PCR:  Identyfikacja gatunkowa E. faecium i E. faecalis techniką PCR;  
  • Identyfikacja gatunkowa Staphylococcus aureus i oznaczanie oporności na antybiotyki beta-laktamowe metodą multiplex PCR.
  • Izolacja DNA ludzkiego i oznaczanie płci człowieka techniką PCR w oparciu o polimorfizm genu amelogeniny chromosomów X i Y.  
  • Amplifikacja ludzkiego genu ccr5 – wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na zakażenie wirusem HIV. 
  • Genotypowanie szczepów bakterii.
  • Analiza pokrewieństwa genetycznego szczepów bakterii. 

Dane przedmiotu

Nazwa kursu Wirusologia molekularna - wykład
Kierunek studiów Biotechnologia
Wydział Chemiczny
Poziom kształcenia Studia II stopnia
Forma studiów Stacjonarne
Rok studiów 1
Semestr studiów 2
Start semestru październik 2020
Rok akademicki realizacji przedmiotu 2020/2021
Forma zajęć Zdalna

Prowadzący i konsultacje

Imię i nazwisko prowadzącego Beata Zalewska-Piątek
Adres e-mail beazalew@pg.edu.pl
Nr telefonu 3471862
Terminy konsultacji Piątek 11-12:00
Komunikacja (sposób kontaktu) Kontakt mailowy, czat

Dane przedmiotu

Nazwa kursu Genetyka molekularna - seminarium
Kierunek studiów Biotechnologia
Wydział Chemiczny
Poziom kształcenia Studia II stopnia
Forma studiów Stacjonarne
Rok studiów 1
Semestr studiów 2
Start semestru październik 2020
Rok akademicki realizacji przedmiotu 2020/2021
Forma zajęć Zdalna

Prowadzący i konsultacje

Imię i nazwisko prowadzącego Beata Zalewska-Piątek
Adres e-mail beazalew@pg.edu.pl
Nr telefonu 3471862
Terminy konsultacji Piątek 11-12:00
Komunikacja (sposób kontaktu) Kontakt mailowy, czat

Dane przedmiotu

Nazwa kursu Genetyka molekularna - wykład
Kierunek studiów Biotechnologia
Wydział Chemiczny
Poziom kształcenia Studia II stopnia
Forma studiów Stacjonarne
Rok studiów 1
Semestr studiów 2
Start semestru październik 2020
Rok akademicki realizacji przedmiotu 2020/2021
Forma zajęć Zdalna

Prowadzący i konsultacje

Imię i nazwisko prowadzącego Beata Zalewska-Piątek
Adres e-mail beazalew@pg.edu.pl
Nr telefonu 3471862
Terminy konsultacji Piątek 11-12:00
Komunikacja (sposób kontaktu) Kontakt mailowy, czat
•dr hab. inż. Paweł Sachadyn, prof. PG
•Laboratorium Biotechnologii Regeneracyjnej
•p. 303 Ch. B, w wyznaczonych godzinach konsultacji lub indywidualnie po uzgodnieniu
•Kontakt przez e-mail: psach@pg.edu.pl

Celem wykładu jest przedstawienie podstaw wiedzy o genomie i genetyce człowieka, rodzajach i skutkach mutacji, możliwościach praktycznego wykorzystania wiedzy o genomie ludzkim  i genetyce człowieka, perspektywach i zagrożeniach związanych z rozwojem technologii kwasów nukleinowych.

Program

1.Wprowadzenie. Budowa genomu ludzkiego.
2.Mitochondrialne DNA
3.Rodzaje mutacji i przyczyny ich powstawania
4.Dziedziczenie mutacji
5.Efekty mutacji
6.Farmakogenomika
Warunki zaliczenia
•1. test – wynik testu w procentach
•test wyboru na ostatnich zajęciach
•TYLKO JEDNA odpowiedź ustna - w celu poprawienia oceny,
•odpowiedź ustna możliwa TYKO POD WARUNKIEM uzyskania z testu co najmniej 40% punktów
•Próg zaliczenia wynosi 60%
•2. obecność na wykładach
•obecność na wykładach jest obowiązkowa
•Lista pytań kierunkowych pomoże w przygotowaniu do testu
•Literatura obowiązkowa:

   Materiały z wykładu dostępne na googledrive

https://drive.google.com/drive/folders/1KgcYovUd7lbgPO2K9WV5M5pavKHtowa2?usp=sharing

Kolejny wykład z genetyki człowieka w formie webinarium.

Kolejny wykład z genetyki człowieka w formie webinarium.

Kolejny wyklad zdalny z inżynierii genetycznej w postaci webinarium.

Kolejny wyklad zdalny z inżynierii genetycznej w postaci webinarium.

Seminarium Dyplomowe Biotechnologii Leków

Genetic of Microorganisms lectures explain influence of genetic code diversity and structures on metabolic processes in microorganisms. Specific topics cover different levels of organization of genetic information in microorganisms, mobility of DNA molecules, influence of different nucleic acids and amino-acids compositions on life cycle influenced by environmental conditions. In addition, information about bioinformatics tools and experimental methods used for predicting and understanding cellular and inter-cellular processes driven by genetic information will be presented.

W ramach zajęć zostaną w szczególności  omówione następujące zagadnienia:
* Prawa własności intelektualnej, ogólna charakterystyka, źródła prawa (krajowe, międzynarodowe)
* Przedmioty ochrony prawa własności przemysłowej       
-wynalazek , kategorie wynalazków, wyłączenia spod ochrony ,koszty ochrony       
-wzór użytkowy , pojęcie wzoru użytkowego, ochrona wzoru użytkowego       
-wzór przemysłowy ,ochrona  krajowa, wspólnotowa, międzynarodowa       
-znak towarowy , rodzaje znaków, ochrona krajowa i wspólnotowa       
-oznaczenie geograficzne, ochrona krajowa i wspólnotowa       
-topografia układu scalonego*Urząd Patentowy RP, struktura, zadania, procedury uzyskiwanie patentu w kraju i za granicą
*Prawo autorskie, przedmiot ochrony prawa autorskiego, rodzaje  utworów, dozwolony użytek  chronionych utworów,

odpowiedzialność karna z tytułu naruszenia praw autorskich
*Autorskie prawa osobiste (plagiat, odpowiedzialność prawna z tytułu popełnienia plagiatu), autorskie prawa majątkowe (obrót  

prawami majątkowymi),*Prawa pokrewne, ich charakterystyka, zarządzanie prawami autorskimi i pokrewnymi,
*Ochrona programów komputerowych, ochrona wizerunku, ochrona tajemnicy źródeł informacji, ochrona adresata   

korespondencji*Ochrona baz danych
*Ochrona know-how, udostępnianie know-how, podstawy prawne ochrony know-how i tajemnicy przedsiębiorstwa, szpiegostwo    

przemysłowe, zwalczanie nieuczciwej konkurencji,
*Środki ochrony praw własności intelektualnej (prawo cywilne, prawo karne)
*Internet, zgodne z prawem korzystanie z Internetu, piractwo internetowe, legalne słuchanie muzyki

Dane przedmiotu

Nazwa kursu Wirusologia - wstęp do laboratorium
Kierunek studiów Biotechnologia
Wydział Chemiczny
Poziom kształcenia Studia II stopnia
Forma studiów Stacjonarne
Rok studiów 1
Semestr studiów 1
Start semestru luty 2020
Rok akademicki realizacji przedmiotu 2019/2020
Forma zajęć Zdalna

Prowadzący i konsultacje

Imię i nazwisko prowadzącego Beata Zalewska-Piątek / Marta Wanarska
Adres e-mail beazalew@pg.edu.pl / marwanar@pg.edu.pl
Nr telefonu 3471862
Terminy konsultacji Środa 11-12:00
Komunikacja (sposób kontaktu) Kontakt mailowy, czat

Tematy referatów:

1. Budowa chromosomu i metody badania (metody cytogenetyczne, FISH, CGH)

2. Badanie DNA w medycynie sądowej

3. Genetyczne podstawy odporności immunologicznej

4. Klonowanie zwierząt i ludzi

5. Genetyka nowotworów

6. Katastrofy elektrowni atomowych w Czarnobylu i w Fukushimie a zachorowalność na nowotwory

7. Dziedziczenie epigenetyczne

8. Mikromacierze hybrydyzacyjne  w badaniu ekspresji genów, metylacji DNA i polimorfizmu genetycznego

9. Geny a umysł

10. Genetyczne podstawy schizofrenii

11. Genetyczne podstawy długowieczności

12.Eugenika

13. Komórki macierzyste i pluripotentne

14. Terapia genowa

15. Genetyczne podstawy chorób sercowo naczyniowych

16. Genetyczne i środowiskowe podstawy cukrzycy

17. Genetyka szlaków sygnalizacyjnych

18. Genetyczna diagnostyka prenatalna i preimplantacyjna

19. Genetyka otyłości i genetyka szczupłości

20. Genetyczna determinacja płci

21. Wkład genetyczny Homo neanderthalensis do genomu Homo sapiens

22. Genetyka Słowian

23. Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) w badaniu genomów i transkryptomów

24. Geny a wygląd

Wykład i Seminarium

Dane przedmiotu

Nazwa kursu Wirusologia
Kierunek studiów Biotechnologia
Wydział Chemiczny
Poziom kształcenia Studia II stopnia
Forma studiów Stacjonarne
Rok studiów 1
Semestr studiów 1
Start semestru luty 2020
Rok akademicki realizacji przedmiotu 2019/2020
Forma zajęć Zdalna

Prowadzący i konsultacje

Imię i nazwisko prowadzącego Beata Zalewska-Piątek
Adres e-mail beazalew@pg.edu.pl
Nr telefonu 3471862
Terminy konsultacji Środa 11-12:00
Komunikacja (sposób kontaktu) Kontakt mailowy, czat