Biotechnologia II stopień

DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA W MEDYCYNIE I PRZEMYŚLE SPOŻYWCZYM

Prowadzący: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni

Katedra Biotechnologii Molekularnej i Mikrobiologii PG (Bud.7, pokój 218)

• Zajęcia z przedmiotu prowadzone są w formie blended learning - wykłady w formie zdalnej jako e-nauczanie (15 godzin), laboratoria prowadzone są metodą tradycyjną na uczelni (15 godzin).
• Wykład rozpoczyna się 5.10.2020 r. w formie webinarium i będzie odbywał sie w godzinach 11¹⁵-13⁰⁰  do 30.11.2020, co tydzień.
• Laboratoria odbywają się metoda tradycyjną w grupach według ustalonego planu zajęć w sali 17, WCh C.

Zasady zaliczenia e-kursu:

• Wykłady w formie zdalnej są obowiązkowe dla studenta, możliwa jest jedna nieobecność na wykładzie.
• Wykład kończy się quizem - warunkiem zaliczenia jest 60% poprawnych odpowiedzi. 
• e-kurs stanowi 50% składowej oceny końcowej z przedmiotu

Elementy zwiążane z komunikacją w ramach e-kursu:

• Możliwość komunikowania sie w ramach e-kursu w postaci czatu.
• Dodatkowe informacje związane z wykładem będą przekazywane studentom na forum oraz w zakładce ogłoszenia
• Dodatkowy kontakt z prowadzącym e-kurs po wykładzie w godzinach 13-14 (poniedziałek)

Cel przedmiotu i program:

Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z metodami molekularnymi, stosowanymi w diagnostyce medycznej i przemyśle spożywczym, wykorzystanie osiągnięć i narzędzi biologii molekularnej w diagnostyce, pokazanie nowości na rynku diagnostycznym.

Program wykładów:

Temat -1 (2 godziny)

• Ustawa o diagnostyce laboratoryjnej. Kto może zostać diagnostą laboratoryjnym?
• Zakres zastosowań diagnostyki molekularnej w medycynie i przemyśle spożywczym.
• Najważniejsze odkrycia, które zostały wykorzystane w diagnostyce molekularnej.
• Medycyna spersonalizowana
• Zasady wprowadzania nowych testów diagnostycznych na rynek. Kryteria walidacji metody diagnostycznej. 
• Pobieranie, przechowywanie i przewożenie próbek.

Temat -2 (4 godziny)

Metody hybrydyzacji i ich wykorzystanie w mikrobiologii, diagnostyce chorób genetycznych i nowotworowych (hybrydyzacja w roztworze i na podłożu stałym, sondy genetyczne – dobór i przygotowanie; elementy cytogenetyki i hybrydyzacja in situ – technika FISH), mikromacierze, badanie poziomu ekspresji genów na poziomie transkrypcji (transkryptomika) . 

Temat - 3 (1 godzina)

• Biosensory – definicja, podstawy działania, podział, zastosowanie

Temat - 4 (2 godziny)

• Typowanie szczepów bakteryjnych metodami klasycznymi i molekularnymi (typowanie fagowe, typowanie bakteriocynami, analiza profili plazmidowych, elektroforeza pulsacyjna REA-PFGE, metody DNA fingerprinting).
• Kryteria wyboru metod do badań epidemiologicznych.
• Kryteria interpretacji wzorów genetycznych w badaniach epidemiologicznych.

Temat -5 (2 godziny)

• Immunodiagnostyka i molekularna diagnostyka wirusów - zastosowanie PCR, real-time PCR, RT-PCR
• Diagnostyka molekularna wirusa HCV, HBV, HIV, CMV, SARS-CoV-2

Temat - 6 (2 godziny)

• Metody przesiewowe wykrywania mutacji punktowych i polimorfizmów DNA;
• Metody wykrywania znanych mutacji (SCCP, DGGE, TGGE, RFLP-PCR, PCR-RFLP, sekwencjonowanie startej i nowej generacji, hybrydyzacja).

Temat - 7 (1 godzina)

Wstęp do proteomiki  - diagnostyka chorób genetycznych i nowotworów.

Temat - 8 (1 godzina)

• Zastosowanie interferencji RNA w diagnostyce i terapii niektórych chorób człowieka

Laboratoria:

• Standardowa reakcja PCR:  Identyfikacja gatunkowa E. faecium i E. faecalis techniką PCR;  
• Identyfikacja gatunkowa Staphylococcus aureus i oznaczanie oporności na antybiotyki beta-laktamowe metodą multiplex PCR.
• Izolacja DNA ludzkiego i oznaczanie płci człowieka techniką PCR w oparciu o polimorfizm genu amelogeniny chromosomów X i Y.  
• Amplifikacja ludzkiego genu ccr5 – wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na zakażenie wirusem HIV. 

• Genotypowanie szczepów bakterii.
• Analiza pokrewieństwa genetycznego szczepów bakterii. 

Dane przedmiotu

Prowadzący i konsultacje

Celem wykładu jest przedstawienie podstaw wiedzy o genomie i genetyce człowieka, rodzajach i skutkach mutacji, możliwościach praktycznego wykorzystania wiedzy o genomie ludzkim  i genetyce człowieka, perspektywach i zagrożeniach związanych z rozwojem technologii kwasów nukleinowych.

Program

https://drive.google.com/drive/folders/1KgcYovUd7lbgPO2K9WV5M5pavKHtowa2?usp=sharing

Kolejny wykład z genetyki człowieka w formie webinarium.

Kolejny wyklad zdalny z inżynierii genetycznej w postaci webinarium.

Seminarium Dyplomowe Biotechnologii Leków

W ramach zajęć zostaną w szczególności  omówione następujące zagadnienia:
* Prawa własności intelektualnej, ogólna charakterystyka, źródła prawa (krajowe, międzynarodowe)
* Przedmioty ochrony prawa własności przemysłowej       
-wynalazek , kategorie wynalazków, wyłączenia spod ochrony ,koszty ochrony       
-wzór użytkowy , pojęcie wzoru użytkowego, ochrona wzoru użytkowego       
-wzór przemysłowy ,ochrona  krajowa, wspólnotowa, międzynarodowa       
-znak towarowy , rodzaje znaków, ochrona krajowa i wspólnotowa       
-oznaczenie geograficzne, ochrona krajowa i wspólnotowa       
-topografia układu scalonego*Urząd Patentowy RP, struktura, zadania, procedury uzyskiwanie patentu w kraju i za granicą
*Prawo autorskie, przedmiot ochrony prawa autorskiego, rodzaje  utworów, dozwolony użytek  chronionych utworów,

odpowiedzialność karna z tytułu naruszenia praw autorskich
*Autorskie prawa osobiste (plagiat, odpowiedzialność prawna z tytułu popełnienia plagiatu), autorskie prawa majątkowe (obrót  

prawami majątkowymi),*Prawa pokrewne, ich charakterystyka, zarządzanie prawami autorskimi i pokrewnymi,
*Ochrona programów komputerowych, ochrona wizerunku, ochrona tajemnicy źródeł informacji, ochrona adresata   

korespondencji*Ochrona baz danych
*Ochrona know-how, udostępnianie know-how, podstawy prawne ochrony know-how i tajemnicy przedsiębiorstwa, szpiegostwo    

przemysłowe, zwalczanie nieuczciwej konkurencji,
*Środki ochrony praw własności intelektualnej (prawo cywilne, prawo karne)
*Internet, zgodne z prawem korzystanie z Internetu, piractwo internetowe, legalne słuchanie muzyki

WYKŁAD i SEMINARIUM

Tematy referatów:

1. Budowa chromosomu i metody badania (metody cytogenetyczne, FISH, CGH)

2. Badanie DNA w medycynie sądowej

3. Genetyczne podstawy odporności immunologicznej

4. Klonowanie zwierząt i ludzi

5. Genetyka nowotworów

6. Katastrofy elektrowni atomowych w Czarnobylu i w Fukushimie a zachorowalność na nowotwory

7. Dziedziczenie epigenetyczne

8. Mikromacierze hybrydyzacyjne  w badaniu ekspresji genów, metylacji DNA i polimorfizmu genetycznego

9. Geny a umysł

10. Genetyczne podstawy schizofrenii

11. Genetyczne podstawy długowieczności

12.Eugenika

13. Komórki macierzyste i pluripotentne

14. Terapia genowa

15. Genetyczne podstawy chorób sercowo naczyniowych

16. Genetyczne i środowiskowe podstawy cukrzycy

17. Genetyka szlaków sygnalizacyjnych

18. Genetyczna diagnostyka prenatalna i preimplantacyjna

19. Genetyka otyłości i genetyka szczupłości

20. Genetyczna determinacja płci

21. Wkład genetyczny Homo neanderthalensis do genomu Homo sapiens

22. Genetyka Słowian

23. Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) w badaniu genomów i transkryptomów

24. Geny a wygląd